Четвертая соборная «Хакимовская» мечеть была построена на улице Бекетовской 11 (ныне улица Мустая Карима) в 1907 году купцом, меценатом Абдуллатифом Абдулхакимовичем. Хакимовым. На момент строительства мечеть являлась единственной двухминаретной каменной мечетью Уфы. При мечети Хакимовыми было открыто медресе, организовано общество прихожан соборной мечети.

Парные минареты мечети Хакимова, поставленные на высокое основание создавали силуэт города и являлись его визитной карточкой. Они запечатлены на многочисленных фотографиях и открытках того времени.

Здание мечети, представляющее пятистенок с михрабом, было построено по мусульманским канонам. В мечети располагались два молитвенных зала. Также имелся вестибюль.

В феврале 1930 года было принято постановление «О закрытии Хакимовской мечети в г. Уфе». Здание было передано Наркомату труда. В 1939 году мечеть лишилась минаретов. Также были заделаны некоторые оконные проемы, был убран навес над центральным входом. Изменения коснулись и помещений, которые были приспособлены под кабинеты. Использование здания как административного различными учреждениями и ведомствами продолжилось и во второй половине ХХ века.

В 1990-е годы началось возрождение мечети. С 2002 года при поддержке Центрального духовного управления мусульман и Российского исламского университета Уфы проводятся работы по восстановлению ее исторического облика. В 2019 году состоялось восстановление минаретов, над которыми вновь возвысились полумесяцы. Работы по сохранению и восстановлению объекта культурного наследия «Хакимовская мечеть» продолжаются.