ИАЛМЗ «Ирендык» официально образован Постановлением Кабинета Министров Республики Башкортостан №354 от 29 ноября 2002 года. Музей-заповедник «Ирендык» отнесен к государственной собственности Республики Башкортостан и передан в ведение Министерства культуры Республики Башкортостан с включением в качестве территориального подразделения в составе ГБУ НПЦ.
ГБУ НПЦ и Государственным природным заповедником «Шульган-Таш» совместно с Российским НИИ культурного и природного наследия им. А.С. Лихачева разработана Концепция музея-заповедника, проведено функциональное зонирование территории и намечены перспективы его развития. Данные документы были одобрены Республиканским советом по сохранению культурного наследия при Кабинете министров РБ и согласованы
Министерством культуры РФ;
ГБУ НПЦ организована дирекция музея-заповедника «Ирендык», проведена работа по проектированию генерального плана музея-заповедника и его зон охраны.
В 2016 г. завершены работы по созданию музейных экспозиций посвященных доисторическим периодам в здании-памятнике «Дом А.Ф. Кабанова», в котором также разместился административный корпус музея-заповедника.
В настоящее время разработан эскизный проект туристско-экскурсионного комплекса «Башкирский аул», готовится технический (рабочий) проект.
Ежегодно границах музея-заповедника проводятся археологические исследования.