С 1990 года Научно-производственный центр ведет активную работу по сохранению уникальных наскальных изображений пещеры Шульган-Таш. В 1995 году по предложению Всероссийского геологического института им. Карпинского НПЦ взяло на себя организацию и финансирование комплексного мониторинга спелеосистемы Шульган-Таш, который до настоящего времени проводится под руководством кандидата геолого-минералогических наук Ю.С. Ляхницкого. В начале 2000-х годов Научно-производственный центр организовал строительство туристического маршрута в четырех залах привходовой части пещеры. В 2013 году сотрудники Научно-производственного подключились к работе по подготовке материалов номинационного досье объекта «Наскальная живопись пещеры Шульган-Таш» для включения в Список всемирного наследия ЮНЕСКО. Неоценимую поддержку Научно-производственному центру в этом проекте оказывают Институт Археологии РАН и УФИЦ РАН и др. научные учреждения. За прошедшие годы выполнен большой объем научно-исследовательских мероприятий. Выпущен первый полный каталог наскальных изображений пещеры. Проведено уточнение датировок древних наскальных изображений и культурного слоя пещеры методами радиоуглеродного и уран-ториевого датирования. За счет закупки современного электронного оборудования усовершенствована система мониторинга микроклимата карстовой полости. Крупным проектом стало документирование пещеры Шульган-Таш
методами комбинированного использованием технологий лазерного сканирования и фотограмметрии проведенное специалистами московской лаборатории RSSDA под руководством Ю.М. Свойского. Собранные данные позволили сформировать трёхмерную цифровую модель пещеры от грота Портал до хода Рюмина и с высокой детальностью документировать стены залов с наскальными изображениями. Дополнительно, было проведено воздушное лазерное сканирование ландшафта окружающего пещеру. По результатам всех выполненных работ создана совмещенная цифровая, трехмерная модель привязанная к международной системе координат. С 2015 по 2018 годы под руководством реставратора из Андорры Эудалда Гуилламета (Eudald Guillamet) большая часть пещеры очищена от загрязнений и посетительских надписей (граффити). В 2017 году специальной международной экспедицией завершена расчистка изображения верблюда в зале Хаоса пещеры. С 2017 по 2018 годы выполнен демонтаж и замена, опасных, ржавых лестничных конструкций пещеры предназначенных для служебного пользования. В целях снижения губительной для наскальных изображений антропогенной нагрузки разработан комплекс мер направленный на перераспределение туристических потоков по территории окрестностей пещеры. Якорным проектом в этом направлении стало строительство Историко-культурного музейного комплекса «Шульган-Таш» начатое осенью 2018 года.
Объект культурного наследия федерального значения "Капова пещера с живописью эпохи палеолита".
Располагается на территории Киекбаевского сельского совета Бурзянского района Республики Башкортостан. Постановлением Совета Министров РСФСР от 30 августа 1960 г. № 1327 объект отнесен к числу памятников археологии государственного значения, подлежащих охране.
Является единственным уникальным объектом на территории России, где сохранилась древняя живопись возрастом 14,5-19 тыс. лет.
Решением Комиссии ЮНЕСКО 30 января 2012 года данный объект внесен в перечень объектов, претендующих на включение в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.