В организации созданы 5 отделов, базовыми из которых являются отдел историко-архитектурного наследия, отдел археологического наследия, сметно-договорной отдел. Имеется одно территориальное подразделение – Историко-археологический и ландшафтный музей-заповедник «Ирендык». 

Государственное бюджетное учреждение культуры Научно-производственный центр по охране и использованию недвижимых объектов культурного наследия Республики Башкортостан (ГБУ НПЦ) создано    для выполнения работ, оказания услуг в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий государственного органа охраны объектов культурного наследия Республики Башкортостан, сохранения, использования, популяризации объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Республики Башкортостан.

ГБУ НПЦ является единственным в Республике Башкортостан учреждением, располагающим полноценным штатом профильных специалистов, ведущих работу по 21 виду уставной деятельности, в области сохранения использования и популяризации объектов культурного наследия. Численность штата сотрудников составляет 42 человека.

Учреждение обладает мощной материально-технической базой, современным высокотехнологичным оборудованием для ведения полевых и камеральных археологических исследований, инженерных и геодезических работ, наземной и воздушной фото и видео съемки высокого разрешения, обмеров архитектурных сооружений. ГБУ НПЦ располагает средствами оперативной полиграфии, акустическим и видеооборудованием оборудованием для проведения конференций, симпозиумов в т. ч. в формате онлайн. Производственный автопарк, включает автомобили повышенной комфортности и проходимости.

За счет налаживаемых десятилетиями, тесных связей с деятелями науки, культуры и искусства региона, учреждение выступает посредником между общественностью и органами государственной власти в вопросах сохранения и выявления объектов культурного наследия.

Деятельность сотрудников ГБУ НПЦ играет ключевую роль при подготовке ответов на входящие обращения граждан и юридических лиц в государственный орган охраны объектов культурного наследия.

Научно-производственный центр – крупнейшая в Республике Башкортостан организация, выполняющая полный комплекс научно-исследовательских и проектно-изыскательских работ.

Важнейшими направлениями деятельности ГБУ НПЦ являются:

• проведение работ по выявлению и учету объектов, представляющих историко-культурную ценность и рекомендуемых для включения в Единый государственный реестр объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации;
• проведение работ по инвентаризации и мониторингу объектов культурного наследия;
• разработка проектов зон охраны объектов культурного наследия, определение границ территорий объектов культурного наследия, их зон охраны, режимов использования земель и градостроительных регламентов в границах вышеназванных зон;
• участие в осуществлении государственного контроля за состоянием объектов культурного наследия, за проведением работ по сохранению объектов культурного наследия, на территориях объектов культурного наследия и в зонах их охраны;

• проведение обследования объектов культурного наследия, выполнение научно-исследовательских, изыскательских, проектных работ, составление актов технического состояния объектов культурного наследия;
• осуществление функций заказчика при проведении государственной историко-культурной экспертизы;
• подготовка паспортов объектов культурного наследия;
• выполнение работ по сохранению объектов культурного наследия (разработка и экспертиза проектно-сметной документации, консервация, ремонт, реставрация, приспособление для современного использования), включая проведение технического и авторского надзора;
• оказание консультативных, информационно-справочных и методических услуг физическим и юридическим лицам по предмету основной деятельности учреждения;
• составление справок о наличии / отсутствии объектов культурного наследия на земельных участках подлежащих хозяйственному освоению;
• проведение полного спектра полевых археологических исследований на объектах любой сложности и степени сохранности;
• организация и участие в проведении конференций, симпозиумов, семинаров и других мероприятий по вопросам связанных с осуществлением деятельности учреждения в сфере государственной охраны, сохранения, использования объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Республики Башкортостан.